Les feutres à base d'eau sont nettement moins odorants. Ils présentent également d'autres avantages : leur encre ne transperce pas la plupart des types de papier. Les encres à base d'eau conviennent donc parfaitement au Bullet Journal. En utilisant des encres qui ne transpercent pas, vous pouvez donc dessiner ou écrire sur la page suivante.
L'encre à base d'eau peut être divisée en encre avec colorants et encre avec pigments. L'avantage des encres à base d'eau avec colorants, comme par exemple les Dual Brush Pens d'ABT, est qu'elles sont idéales pour l'aquarelle. Pour l'aquarelle, nous recommandons l'utilisation de papier aquarelle. L'encre à base d'eau avec des pigments, comme celle de notre Fudenosuke, est résistante à l'eau après séchage et convient donc pour les contours.